Instituida mediante la Bula «Aptiora in Dies» del 16 de enero de 1978, de san Pablo VI, con territorio que antes pertenecía a la Diócesis de La Vega.
Se designó como su primer Obispo a S.E. Mons. Nicolás de Jesús Cardenal López Rodríguez (1978-1981). Su segundo Obispo fue S.E.R. Mons. Jesús María De Jesús Moya (1981-2012), quien se desempeñaba como Obispo Auxiliar de Santiago de los Caballeros.
Su Obispo actual es S.E.R. Mons. Fausto Ramón Mejía Vallejo, quien fue designado tercer Obispo de San Francisco de Macorís, el 31 de mayo de 2012, y era hasta ese momento rector de la Universidad Católica Tecnológica del Cibao (UCATECI), La Vega. Fue consagrado Obispo el 28 de julio de 2012.
La Diócesis en cifras
| Extensión | Población | Católicos | Parroquias |
| 4,124 km2 | 746,471 | 623,424 | 48 |
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