Mons. Rafael Leonidas Felipe Núñez realizó sus estudios filosóficos y teológicos en el Seminario Pontificio Santo Tomás de Aquino, en Santo Domingo.
Recibió la ordenación sacerdotal el 25 de marzo de 1965.
Ha desempeñado los siguientes encargos pastorales: director espiritual del Seminario Menor San Pío X (Licey, Santiago de los Caballeros); luego, rector del mismo Seminario; responsable de la Obra Vocacional Sacerdotal de la Arquidiócesis de Santiago de los Caballeros; animador vocacional en la Diócesis de Mao-Montecristi; director espiritual y sucesivamente rector del Seminario Pontificio Santo Tomás de Aquino; párroco de varias parroquias en Santiago de los Caballeros; vicario para la Pastoral; párroco de la Parroquia Santa Ana, en la Arquidiócesis de Santiago de los Caballeros, y director nacional de los Pontificias Obras Misioneras.
Designado segundo Obispo de Barahona por el Papa san Juan Pablo II el 7 de diciembre del 1999.
Su ordenación episcopal fue el 22 de enero del 2000.
En el año 2015 pasa a condición de Obispo Emérito, siendo sucedido por Mons. Andrés Napoleón Romero Cárdenas.
En el 2016 el Papa Francisco le nombra administrador apostólico de la Diócesis de San Pedro de Macorís, hasta el año 2017, cuando cede la dirección de esta Iglesia local a Monseñor Santiago Rodríguez Rodríguez.